CSS編として書いていたエントリーを"Ver3.31対応版"として書き直しました。
/lib/MT/App/CMS.pmの下記の部分

my $link = $thumb ? qq(＜img src="$thumb" width="$thumb_width" height="$thumb_height"border="0" hspace="5" vspace="5" align="left" /＞) : q{＜MT_TRANS phrase="View image"＞};
return $app-＞translate_templatized(＜＜"HTML");
＜a href="$url" onclick="window.open('$url','popup','width=$width,height=$height,scrollbars=no,resizable=no,toolbar=no,directories=no,location=no,menubar=no,status=no,left=0,top=0'); return false"＞$link＜/a＞
HTML
} elsif ($q-＞param('include')) {
if ($thumb) {
return ＜＜"HTML";
＜a href="$url"＞＜img alt="$fname" src="$thumb" width="$thumb_width" height="$thumb_height" /＞＜/a＞
HTML
} else {
return ＜＜"HTML";
＜img alt="$fname" src="$url" width="$width" height="$height" /＞
HTML
}
} elsif ($q-＞param('link')) {
return $app-＞translate_templatized(＜＜"HTML");
＜a href="$url"＞＜MT_TRANS phrase="Download file"＞＜/a＞
HTML
}
}

を以下の様に変更。

my $link = $thumb ? qq(＜img src="$thumb" width="$thumb_width" height="$thumb_height"border="0" align="left" /＞) : q{＜MT_TRANS phrase="View image"＞};
return $app-＞translate_templatized(＜＜"HTML");
＜a href="$url" onclick="window.open('$url','popup','width=$width,height=$height,scrollbars=no,resizable=no,toolbar=no,directories=no,location=no,menubar=no,status=no,left=0,top=0'); return false"＞$link＜/a＞
HTML
} elsif ($q-＞param('include')) {
if ($thumb) {
return ＜＜"HTML";
＜a href="$url"＞＜img alt="$fname" src="$thumb" width="$thumb_width" height="$thumb_height" align="left" /＞＜/a＞
HTML
} else {
return ＜＜"HTML";
＜img alt="$fname" src="$url" width="$width" height="$height" align="left" /＞
HTML
}
} elsif ($q-＞param('link')) {
return $app-＞translate_templatized(＜＜"HTML");
＜a href="$url"＞＜MT_TRANS phrase="Download file"＞＜/a＞
HTML
}
}

参考サイトは我楽さんのMovable Type 3.11-ja アップグレード。【追記】から。hspaceが画像の上下の余白をピクセル単位で設定、vspaceは画像の左右の余白をピクセル単位で設定なので好きな余白幅に指定(私の場合無くしたいので削除)
※参照先のサイトさんには自己責任で、と表記があったのでご注意ください。＜＞を全角表記しているので、半角に直すのを忘れない様。
前回のものをそのままコピーしただけではエラーが出てたんですが、1箇所ずつ確認しながら直せばエラーが出る事もなく無事変更できました。Movable Typeも｢急がば回れ｣の様です。汗