Movable Typeの新Ver用テンプレートのカスタマイズと同時に、この問題直せました。結局直接の原因は謎のままなので、解決方法を載せる訳にいかないんですよね…。でもようやく自分が納得行く形にできたので、しばらくはカスタマイズしなくて済みそうです。
※まだ細かい挙動が怪しかったりするので、何かしら気づいた時はお知らせください<(__)>